请教 BUT 的用法

小弟在看阅读的时候发现一个关于BUT用法的疑问，原题在阅读PREP中第97-102的第51行。我简化句子结构后如下：

Someone do A not by doing X, but by doing Y.

我的疑问是，从GMAT语法的角度看，BUT前面的逗号是否应该有？如果修饰NOT BUT的结构修饰分词DOING的角度看似乎不用逗号，如果从第二个句子省略了（someone do A ）by doing Y 的角度看，又应该有逗号。所以请教高手啦，应该怎么理解？